Para os empresários do agronegócio, não há recursos no campo para que a lei seja cumprida. Eles mencionam a falta de estrutura de armazenagem, de estradas e de seguro agrícola. Isso tudo, segundo os empresários, afasta investimentos e, consequentemente, prejudica a efetivação do código. Representante dos ambientalistas, o presidente da Iniciativa Verde, Roberto Resende, também aponta deficiências do novo código. Mas, para Resende, mesmo com limitações e insegurança jurídica, a nova lei deve ser cumprida.
Os desafios também estão na compreensão e adequação de um mesmo código em Estados e municípios diferentes, com vegetação e realidades diferentes. Até quem saiu na frente e já está aplicando a nova lei, como é o caso do de Goiás, sente dificuldades no cumprimento das normas.