O debate surgiu após um primeiro acordo firmado pela federação com a Monsanto, em que a FAEP apoiaria produtores a acertarem com a empresa a suspensão do pagamento de royalties pelo uso da semente de soja transgênica RR1 das safras 2012/2013 e 2013/2014. Em compensação, os produtores dariam, individualmente, quitação geral de não acionarem a Monsanto dos pagamentos das safras 2010/2011 e 2011/2012.
A FAEP considerou que o acordo possibilitaria um ganho imediato, evitando uma ação judicial demorada e onerosa. A Monsanto, contudo, incluiu os termos de licenciamento da nova tecnologia, a Intacta RR2, que ainda não está disponível no mercado, gerando confusão entre os produtores rurais. Segundo a entidade, o acordo individual não deveria conter os termos de licenciamento da RR2.
A nota de esclarecimento informa que a FAEP está negociando com a Monsanto a retirada dos termos de licenciamento da Intacta RR2 do acordo individual do produtor e a empresa sinalizou que uma nova versão estaria em breve disponível aos produtores.